Menurut Rossi yang dikutip "Visordown", mulai pada akhir 2003 motor M1 memiliki banyak kelemahan di antaranya grip depan yang buruk dan sangat tidak stabil. Rossi dan Furusawa bersama dengan kepala mekanik Jerry Burgess mengubah M1 dari motor balapan yang sangat tidak kompetitif, kini menjelma menjadi motor yang menjadi panduan untuk tim-tim di MotoGP.
-M1 2004 - Terdapat tiga pilihan mesin, Rossi cenderung memilik mesin ketiga dimana mesin ini memiliki tenaga lebih kecil namun 'feeling'-nya lebih lembut sehingga lebih mudah untuk ditunggangi. Dan ternyata pilihannya tak salah, dengan menggunakan mesin ini "The Doctor" meraih gelar Juara Dunia di tahun pertamanya bersama Yamaha.
-M1 2005 - Motor kali ini lebih kompetitif dari musim sebelumnya. Sasis berfungsi baik saat masuk tikungan dan telah terjadi peningkatan tenaga pada mesin. Motor ini sangat cocok untuk segala kondisi trek sirkuit. Selain itu dari sisi peranti kontrol elektronik pun telah dibenahi. Rahasia dari motor ini yaitu kesimbangan. Di musim ini "The Doctor" kembali Juara Dunia.
-M1 2006 - Di tahun ini motor telah mengalami pengembangan tapi mendatangkan masalah besar. Telah terjadi getaran frekuensi tinggi yang menyebabkan kehilangan tenaga pada grip depan. Akhirnya kami mengerti bahwa 'part' bagian depan sasis tak begitu kuat serta bermasalah dengan penggunaan ban Michelin. Di musim ini Rossi harus merelakan gelarnya direbut oleh Nicky Hayden.
-M1 2007 - Tahun ini kami mulai meninggalkan mesin 1000cc dan pindah menggunakan mesin 800cc, juga telah terjadi pengurangan penggunaan bahan bakar. Di musim ini Yamaha memasuki masa sulit. Tenaga motor menjadi lebih kecil dan lebih susah untuk dikendalikan. Ducati sangat cepat dan kinerja ban Bridgestone jauh lebih bagus dari Michelin. Masalah terbesar yang dihadapi M1 pada saat itu adalah kurangnya tenaga mesin. Sedangkan Ducati memiliki peranti elektronik yang lebih baik. Kesan paling indah di musim ini yaitu ketika turun di seri Assen, start di posisi 11 tapi bisa menjuarai seri Assen. Di musim ini menjadi milik Ducati dan Casey Stoner.
-M1 2008 - Di musim ini merupakan yang paling sukses dimana Rossi telah memenangi sembilan kali naik podium juara seri. Tenaga mesin serta konsumsi bahan bakar jauh lebih baik daripada mesin generasi sebelumnya. Peranti elektronik pun telah mengalami banyak perubahan dan berkembang jauh lebih baik. Untuk pertama kalinya bagian kontrol dimodifikasi sudut demi sudut. Penggunaan ban pun beralih dari Michelin ke Bridgestone, dimana adaptasi penggunaan ban ini lebih sulit. Untuk mengimbanginya dibutuhkan perubahan pada distribusi bobot motor. Di musim ini Rossi kembali Juara Dunia MotoGP.
-M1 2009 - Mesin untuk spesifikasi musim 2009 tak mengalami perubahan tetapi motor lebih "pintar" secara elektronik. Di tahun ini Rossi mempersembahkan gelar juara duni yang ke-4 sekaligus yang terakhir bagi tim "garpu tala"
Di musim 2010 ini Rossi harus merelakan gelar juara dunianya berpindah ke rekan setimnya Jorge Lorenzo. Motor dengan sedikit pengembangan seperti dikatakan oleh "X-Fuera". "Motor tak mengalami perubahan banyak," kata Lorenzo. "Perubahan pada sasis memberikan grip lebih pada saat masuk tikungan, hal ini saya rasakan ketika test untuk pertama kalinya motor ini dan peranti elektronik pada motor jauh lebih baik sehingga mudah untuk ditunggangi," tambahnya.
"Tapi kompetitor kami untuk saat ini bisa mengimbanginya, di trek yang sama mereka sama bagusnya. Kami butuh tenaga yang jauh lebih besar dan lebih banyak traksi," katanya.
Di balapan MotoGP musim 2011 ini Jorge Lorenzo harus bisa membuktikan bahwa dirinya mampu untuk ikut serta dalam pengembangan Yamaha YZR-M1 yang sejauh ini berhasil dikembangkan oleh Valentino Rossi. Mampukan Lorenzo mengisi peran yang sejauh ini sukses dilakoni "The Doctor"? Memang menarik untuk diikuti.
